En noviembre de 1897 las autoridades eclesiásticas y civiles de Ipiales, solicitaron a la comunidad franciscana, residente en Túquerres (Nariño) el personal necesario para establecer un colegio en esta ciudad. Para Ia fundación de éste plantel de educación se celebró un contrato con los distinguidos señores Prefecto Provincial de Obando Don José María Benavides, personero municipal.
El 17 de Diciembre de éste mismo año, llegaron 5 religiosas franciscanas para realizar el proyecto mencionado: Sor María lnés; quien venía como Superiora local; Sor Buenaventura, Sor Teresa, Sor Celestina y Sor Agueda.
En el año de 1954 con Ia colaboración del Consejo Municipal, y siendo el Doctor Roberto Ortega, el Alcalde de la ciudad de Ipiales, y por gestión del señor ENRIQUE PANTOJA, el Municipio dona a la Comunidad de Hermanas Franciscanas parte de un lote llamado “LA GRANJA” y el resto lo compraron las hermanas en varias etapas, en el cual se construye el colegio NUESTRA SENORA DE LAS LAJAS.
En el año de 1955 y bajo la rectoría de Ia Madre ERASMA OECH se inicia la construcción del primer tramo del colegio nuevo que fue dirigida por la compañía IBANEZ MAYER. El 29 de septiembre de 1959 con motivo de celebrar la fiesta de San Miguel Arcángel, se instala el colegio en el nuevo edificio por la Hermana Sor MARIA TEOPISTA PUYO con el mismo título oficial de COLEGIO NUESTRA SENORA DE LAS LAJAS en honor a la Virgen de las Lajas, su patrona. Dicha fundación la realizó en compañía de Sor MARIA CELINA DE LA DOLOROSA y Sor CLARA LUZ. Bajo la dirección de Ia Reverenda madre ROSARIO se empezó a amoblar el nuevo edificio del colegio en su primer pabellón. El 9 de octubre de 1959 se celebró la PRIMERA EUCARISTÍA en la capilla provisional oficiada por el capellán del colegio en aquel tiempo, el padre, FRANCISCO CAICEDO ACOSTA.
Desde el año de 1959, cuando el colegio se instala en su nuevo edificio, este ha contado con la gracia de Dios para ser dirigido por las hermanas: Rosario Calvache quien inicia Ia construcción bajo la rectoría de Herasma Oech, Teopista Puyo Garcés desde la fundación del colegio hasta 1963, Hna Maria Ancila Herrera Restrepo: Octubre 1 de 1963 – Junio de 1970, en un primer período y 1 de septiembre de 1980- 30 de Junio de 1986, en un segundo período, convirtiéndose en una de las Rectoras con mayor tiempo de administración y más aportes a la formación de la juventud ipialeña. La hermana Ancila entrega su alma al Todopoderoso el día jueves 21 de enero de 1999 en la ciudad de Pasto; Hna. Rosa Irene Medina: 1969 – 1971; Hna. María Albina Nieberman: 1972 – 1974; Hna Fanny Sarasty: 1974 – 1980; Hna. Carmen Cecilia Calvachi: 1886 – 1988; Hna Rosa Matilde Delgado: 1988- 1991; Hna María Esperanza Benavides: 1991 – 1994; Hna Gloria Beatriz Benjumea: 1994- 1997; Hna Lucia Mercedes Alava P’olo: 1997- 2003; Hna Fanny Sarasty Ramirez 2003-enero de 2009, y Hna. Rosa Julia Ibarra Córdoba Febrero de 2009. Hna . Alba Cecilia Muñoz 2012 – Actualidad